Syn mlynáře v Kutné Hoře se narodil v roce 1812. Vystudoval pražskou akademii výtvarných umění (učitelé F. K. Waldherr a F. X. Tkadlík). Po studijním pobytu v Mnichově a Vídni (u J. Führicha) se přes Benátky a Řím roku 1844 vrátil do Prahy na akademii, kde deset let působil pod vedením Ch. Rubena jako druhý učitel a korektor. Specializoval se na monumentální malbu a freskařství. Poté uskutečnil další několikaletou cestu po Evropě. Roku 1867 se stal profesorem akademie a dvacet let vedl přípravnou školu malířů. Za zmínku stojí např. studenti V. Brožík, J. Bubeníček, A. Chittussi, V. Jansa, J. Úprka. V roce 1880 se stal prvním voleným rektorem akademie. Od roku 1877 byl členem poroty, posuzující návrhy na výzdobu Národního divadla v Praze. Učitelskou činnost vykonával až do svých 75 let, poté odešel na odpočinek ke svému synovi Emilovi, který v jihočeské Volyni řídil průmyslovou školu. Jeho další syn Augustin učil kreslení na reálce v Rakovníku v letech 1878 - 1909. Zaměřoval se na různá religiozní témata. Hluboký zájem ho přivedl i k malbě historického žánru z českých národních dějin. Jeho malba nevybočovala z rámce obvyklých akademických postupů té doby – zvlášť v poslední čtvrtině století se jevila opožděná za aktuálním vývojem. Svým studentům ukazoval směr, ale nechal jim určitou volnost. Proto i jeho někteří žáci slavili později úspěchy. Přesto lze Lhotovo dílo považovat za hodnotné a vskutku významné. Pracoval až do konce svých sil, jeho pouť skončila v 93 letech.